MCScanX 安装报错,支持64位系统

今天有学员问 MCScanX 安装问题,我试了下,果然有错误。 make报错: g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...

 MCScanX 安装问题:
make报错:

g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX
msa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’:
msa.cc:289:22: error: ‘chdir’ was not declared in this scope
     if (chdir(html_fn)<0)
                      ^
make: *** [mcscanx] Error 1


这个错误的原因是,MCScanX 不支持64位系统。如果要在 64位上运行,需要修改下源代码。
只需要给MCScanX 目录下的 msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h 这三个文件内容 最前面添加
#include <unistd.h>

正确的做法是用vi打开文件,分别在三个文件( msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h)的最前面添加:

attachments-2018-07-k8CEJuld5b5f1ae833be0.jpg


而不是文件名开头,下面做法是错误的

attachments-2018-07-HJw1BFBb5b5ea5b9bc242.jpg

如果还报错,检查安装是的用户,不要是root用户:


不要切换到root安装,普通用户sudo安装就可以;


  • 下游分析程序
export CLASSPATH='.:/yourPath/MCScanX-master/downstream_analyses'


  • 发表于 2018-05-16 21:20
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  • 分类:软件工具

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