MCScanX 安装报错，支持64位系统
今天有学员问 MCScanX 安装问题，我试了下，果然有错误。
make报错：
g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX
msa.cc: In fun...
MCScanX 安装问题：
make报错：
g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX
msa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’:
msa.cc:289:22: error: ‘chdir’ was not declared in this scope
if (chdir(html_fn)<0)
^
make: *** [mcscanx] Error 1
这个错误的原因是，MCScanX 不支持64位系统。如果要在 64位上运行，需要修改下源代码。
只需要给MCScanX 目录下的 msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h 这三个文件内容 最前面添加
#include <unistd.h>
正确的做法是用vi打开文件，分别在三个文件（ msa.h, dissect_multiple_alignment.h, and detect_collinear_tandem_arrays.h）的最前面添加：
而不是文件名开头，下面做法是错误的：
如果还报错，检查安装是的用户，不要是root用户：
不要切换到root安装，普通用户sudo安装就可以；
- 下游分析程序
export CLASSPATH='.:/yourPath/MCScanX-master/downstream_analyses'
- 发表于 2018-05-16 21:20
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- 分类：软件工具
