TCGA数据处理流程中各种组织机构介绍
图中总结了TCGA的样品到数据处理流程：
1.组织样本及其临床数据是由Tissue Source Sites(TSS)组织来源点收集的，然后送交给Biospecimen Core Resources(BCRs)生物标本核心资源。
2.BCRs提交临床数据和元数据到Data Coordinating Center(DCC)数据整理中心，并把分析物送交给Genome Characterization Center(GCCs)基因组鉴定中心和Sequencing Center(GSCs)测序中心，在这里生成突变信号并把信号提交到DCC。
3.GSCs同样也提交跟踪文件、序列和比对图到Cancer Genomics Hub(CGHub)癌症基因组中心。
4.被提交到DCC和CGHub的数据可供研究团体和Genome Data Analysis Centers(GDACs)基因组数据分析中西使用。
5.分析渠道和GDACs产出的数据结果通过DCC对研究团体提供服务。
下表提供了对来自TCGA不同中心和小组的快速总览，要想对特定的小组或中心获得更多的信息，请单击相应的标签：
中心/小组 | 描述 |
TSS | 组织来源点，收集样本（组织，细胞，血液）和临床元数据，然后把这些数据和样本送到BCR。每一个组织来源点都有一个ID来识别。 |
BCR | 生物标本核心资源，是TCGA的样本中心，在这里样本及其参与者的临床信息被小心地分类，处理，质量检验和存储。分析物在BCR被等分并且分配等分条形码，之后送到其它中心。 BCR缩写对照表：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/bcr-batch-codes |
GCC | 基因组鉴定中心，在这里用高通量技术来分析癌症基因组的改变。鉴定出来的基因组的改变被GSCs用来进一步的研究。GCCs把在数据档案中的鉴定实验的实验结果文件转移到DCC。 |
GSC | 基因组测序中心，在这里利用高通量方法去识别各种癌症的基因组序列中的改变。GSCs对分析物（由BCRs提供）进行测序并且分析假定的体细胞和生殖细胞的突变。测序结果被送到癌症基因组中心，突变结果被送到被送到DCC。 |
DCC | 数据整理中心，是提供TCGA数据的核心。DCC对数据格式进行标准化并且验证提交的数据。 DCC接受并且验证从BCRs，GCCs和GSCs获得的数据，之后研究团体才能通过TCGA门户网站的应用程序对数据进行使用。 |
GDAC | 基因组数据分析中心，这里给研究团体提供了新颖的信息学工具和TCGA数据的分析结果，DCC不接受通过自动验证和展开系统的任何GDAC的数据提交。GDAC目前通过受控访问临时上传分析数据到DCC。 |
CGHub | 癌症基因组中心，一个安全的数据库，用来存储，分类和访问TCGA及其相关项目的的癌症基因组序列，比对和突变信息。在SAIC-Frederick分包合同之下，CGHub由加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）管理。GSCs上传跟踪文件，短信号序列和BAM文件到CGHub。 |
Project Team | 协调TCGA的项目团队，由NCI和NHGRI中的成员组成。 |
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- 发表于 2019-10-23 17:51
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- 分类：TCGA
