pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

pheatmap 绘图出现报错信息类似: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)

pheatmap 绘图出现报错信息类似:

Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)


出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。

其一是原数据中本身存在NA等情况,其二是原数据存在数据完全无变化,但pheatmap()函数中却选择了scale参数进行处理。例如其中一个基因(row)数值完全无变化,scale处理将产生NaN 之后外调hclust将无法成功


> A=c(1,1,1,1,1,1,1)
> scale(A)
     [,1]
[1,]  NaN
[2,]  NaN
[3,]  NaN
[4,]  NaN
[5,]  NaN
[6,]  NaN
[7,]  NaN
attr(,"scaled:center")
[1] 1
attr(,"scaled:scale")
[1] 0
hclust(scale(A))
Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed


此时检查数据是否存在此类问题即可


更多生物信息课程:https://study.omicsclass.com/index


  • 发表于 2019-10-25 14:22
  • 阅读 ( 15308 )
  • 分类:R

0 条评论

请先 登录 后评论
Daitoue
Daitoue

167 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 350 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章