GEO数据库的搜索下载数据技巧
1、首先GEO数据库是个什么鬼呢？
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。
2、那GEO数据库有哪些检索入口呢？
最常用的有两种方式，如果你知道GSE编号可以通过网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo直接进入，具体编号介绍文件下载方法见：https://www.omicsclass.com/article/1100
另外一种就是通过NCBI主页的入口基因搜索下载。通常是不知道GEO编号，通过样品类型，实验处理，平台信息等搜索筛选想要的GEO数据：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进入NCBI主页，搜索数据选择GEO DataSets，如果搜索某个基因表达量可选择GEO Profiles。
3、搜索方法技巧详细介绍
1）首先我们先来介绍一下数据库检索界面的基本信息：
和pubmed一样，GEO数据库界面主要包括检索框、检索结果列表、检索结果限定选项、检索记录信息，等（点开大图有惊喜），数据类型详解见：https://www.omicsclass.com/article/1100
2）想要准确地找到需要的数据，限定条件很重要
限定数据记录类型：首先数据导入类型主要分为四种：datasets、series、samples和platforms，可根据自己的需要选择，最常用的是series数据集显示格式
限定检测平台类型：要注意的是不同的实验检测类型不一样，比如DNA、mRNA、SNP、甲基化等等，在检索时就要结合自己的实验设计选择相应的检测类型。
限定作者：当想要检索某一个具体研究者发表的文章相应的数据资料时，就可以在这里ADD作者的名字来精确检索啦。
限定物种来源：在选择限定条件时，还有很重要的一项就是选择检测样本的物种来源，比如人、小鼠、家兔、犬等等
限定样品类型：除了不同的物种外，如果想要查找某一层面基因表达的数据时，比如组织、细胞等等，在这里ADD想要的type就行。
4、数据下载介绍
选中其中一个感性的标题点击：
之后得到数据介绍页面：
数据介绍及下载详解见：https://www.omicsclass.com/article/1100
- 发表于 2019-11-11 14:11
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- 分类：GEO
