微生物多样性分析之Bray curtis距离
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距离Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。
其中S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min表示取两者最小值。
举例说明
群落A和群落B的OTU统计如下表
| community | OTU1 | OTU2 | OTU3 | OTU4 | OTU5 |
| A | 10 | 8 | 4 | 1 | 1 |
| B | 7 | 3 | 8 | 4 | 0 |
min(S_(B,i)S_(B,i)) = 7+3+4+1+0 = 15
sum(S_(A,i)) = 10+8+4+1+1 = 24
sum(S_(A,i)) = 7+3+4+8+4+0 = 22
D = 1 - 2*15/(24+22) = 0.3478
- 发表于 2018-05-18 09:21
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- 分类：宏基因组
