linux生物信息软件安装管理工具conda使用

linux生物信息软件安装管理工具anaconda，有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。

想做生物信息分析，在linux系统中分析，很多时候我们要分析一个内容会用到一个分析软件，那么开展这个分析的第一步就是要把这个软件安装到我们的linux系统中才可以分析，对于linux初学者而言，安装软件也不是那么容易的，所以初学者在第一步就放弃了，因为不懂linux的工作原理一旦安装报错就很难解决。那么在linux系统中有么有像360软件管家一样的工具，只要输入软件名然后自动安装呢？答案是有的那就是conda，有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了安装、调试、设置环境的烦恼。经常有安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。

conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
通俗的讲：conda相当于我们windows里面的360软件管家，想要那个软件点击安装就好了；

安装conda

conda分为anaconda和miniconda。anaconda里面会包含很多常用的和软件的版本（但是这里的常用不代表你常用），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

下载网址

conda官网：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

选择适合自己的版本，用wget命令下载。

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这里选择的是latest-Linux版本，python3版本的miniconda，如果需要python2版本的可以选择其他的：

安装命令：

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh    #运行

下载完成之后就可以进入命令交互提示窗口，输入以上命令，按回车后运行，运行过程中会有一些说明：Miniconda End User License Agreement 可按空格看完，然后输入yes就可以。之后又提示你把miniconda安装到哪个路径，然后回车安装：

安装的过程会输出一些日志，显示在屏幕上，也就是安装了一些常用的包：

注意：最后询问你是否设置miniconda为默认环境，一般初学者建议输入no 然后enter，如上图最后所示。在需要的时候我们可以启动conda环境

到这里 miniconda 已经安装完成了。

启动conda

在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda路径（我这里是/home/omicsclass/software/miniconda），cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate 和deactivate ，分别是启动和退出环境。

接下来启动conda进入基础（base）conda环境：

source activate
#手动激活环境
source /share/biosoft/conda/miniconda3/bin/activate cell2loc_env

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这个时候可以使用：conda list

如果想退出conda，可以这样运行：

conda deactivate

注意：退出conda环境之后，我们的软件命令不能直接运行了，其实我们安装的软件都在miniconda的bin目录下：/home/omicsclass/software/miniconda/bin

我们可以绝对路径运行这些命令就可以。

添加镜像地址：

miniconda相当于我们windows里面的360软件管家，在安装软件的时候，会自动的从一些网络库中下载软件源码并安装，默认的库服务器大多在国外，因此，为加快软件下载安装的速度，我们可以添加国内的镜像给conda，这样可以加快我们的安装速度，可在命令行运行以下命令添加，另外还有一个生物领域非常重要的库（channel）地址，bioconda，里面有我们常用的生物信息数据分析的软件，例如 bwa，samtools等等,大家可以运行以下命令添加：

#官方默认的channel

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk

#国内清华的channel

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

镜像的一些常用设置：

 conda config --set show_channel_urls yes   #设置显示安装的频道
 conda config --get channels  #查看已经添加的channels
 vim ~/.condarc    #已添加的channel在哪里，也可以修改这个文件，手动添加和删除

清华镜像说明：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

利用conda安装生物信息软件

以下命令大家进入conda环境之后就可以运行安装了：

#安装软件命令
conda install isoseq3

#如果不知道软件名字，以及版本可以搜索
conda search isoseq

#安装指定版本的软件
#conda install 软件名=版本号
conda install isoseq3=3.2.1

#查看已经安装的软件
conda list

#卸载已经安装的软件
conda remove isoseq3

#更新软件版本
conda update isoseq3

创建conda环境

之前创建的时候显示的是（base）这是conda的基本环境，有些软件依赖的是python2的版本，当你还是使用你的base的时候你的base里的python会被自动降级，有可能会引发别的软件的报错，所以，可以给一些特别的软件一些特别的关照，比如创建一个单独的环境。
在conda环境下，输入conda env list（或者输入conda info --envs也是一样滴）查看当前存在的环境：

创建环境步骤：

#以下命令conda会创建一个新的P2的环境
#-n: 设置新的环境的名字这个可以自己取
#python=2 指定新环境的python的版本

conda create -n P2 python=2

#启动这个换环境

conda activate P2

#退出环境：
conda deactivate

关于自定义环境的管理

#查看系统中已有的环境
conda info -e 
conda env list
#删除某个环境(名为name的环境)
conda remove -n name --all

conda 批量安装软件：可以添加 -y 选项，不需要手动确认直接安装，可以以将下面的代码存储到一格sh文件中，批量运行安装；

conda install -y Kallisto
conda install -y FastQC
conda install -y Picard
conda install -y Flexbar
conda install -y Regtools

操作演示见课程：linux系统使用

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发表于 2020-01-15 10:47
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分类：linux