微生物多样性16S计算物种累计曲线
R语言 vegan包计算物种累计曲线
R语言 vegan包计算物种累计曲线
vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。
输入数据，otutable：列表示不同的物种，行表示不同的采样点，中间的数字代表物种丰度：
示例代码:
require(vegan)
otu <- read.table("otu_table.txt", header = T,
sep = "\t",row.names=1)
all <- specaccum(otu, method = "random")
png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)
plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,
ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",
ylab = "Number of species")
boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+")
dev.off()
绘图结果：
最终的物种累计曲线中，横坐标是样本个数，纵坐标是发现的物种个数，随着样本个数的增加，发现的物种个数也不断增加；物种累计曲线反应的就是抽样个数对物种多样性的影响；如果曲线末端部分呈现 急剧上升的趋势，表明抽样量不足；增加样本量，还能继续发现新的物种；当曲线末端上升趋势趋于平缓时，则表明采样量足够。
示例数据下载：otu_table.rar
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- 发表于 2020-01-15 13:38
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- 分类：宏基因组
