如何利用NCBI提取特定位置的基因组序列？
小编经常遇到这样的一些个性化分析，例如，下载某物种某染色体XXXX-XXXX碱基区域内的全部基因信息，尤其是BSA、QTL定位、GWAS等项目客户，该类需求是很多的；之前给大家分享过一个利用Ensembl数...
小编经常遇到这样的一些个性化分析，例如，下载某物种某染色体XXXX-XXXX碱基区域内的全部基因信息，尤其是BSA、QTL定位、GWAS等项目客户，该类需求是很多的；之前给大家分享过一个利用Ensembl数据库网站提供的biomart工具进行基因组特定区间基因及注释信息的提取，详见链接：[原创]-如何下载特定区间内基因及注释信息？但由于ensembl收录基因组数量有限，对于未收录物种就只能另寻他法了。今天我再给大家演示一个利用NCBI数据库进行基因组特定序列提取的方法，希望对您的科研学习有所帮助。我们以水稻（日本晴）1号染色体正义链1234-4321位置序列为例进行介绍。1. 打开NCBI，类目选择Nucleotide，检索框输入日本晴拉丁名及染色体号（Oryza sativa Japonica chromosome1 ），点search检索到日本晴1号染色体序列，如下图：
2. 点击上图检索到的日本晴1号染色体序列进入下一步，如下图，在页面右侧有Change region shown选项，展开后选择Selected region 并输入1234-4321位置信息，点击Update view进入下一步。
3. 点击页面左上角gene bank，格式更改为 FASTA，然后页面就自动展示该区域序列信息了。
4. 假如想知道该区域的反义链序列则可进行下方操作：在步骤3的基础上，点击页面右侧的Customize view选项，勾选Show reverse complement即可。
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- 发表于 2020-03-17 14:20
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- 分类：基因组学
