一文教你使用Excel画GO富集分析图

你会画GO富集分析图么？你知道用哪些数据来画么？这里有详细教程。

做完转录组测序分析，从公司拿到的结果中一般都会有GO富集分析的结果文件。
公司的分析都是标准化的，相应的GO富集分析图上展示的一般是前20位富集程度最高的GO条目，没有经过qvalue值的筛选。
如果你想筛选一下qvalue值或者其他参数再做GO富集分析图，那么请继续往下看。小编为您讲解如何使用Excel画GO富集分析图。

数据文件准备

转录组测序分析的结果文件中一般都会有GO_enrich.xls的文件，该文件一般在每个差异组合的差异分析结果文件夹下。打开后格式大致如下图所示，各个公司稍有不同，图上红色箭头所指的列应该都有，这几列分别是：Term_type、Description、Corrected_P-value、Rich_factor。

假设我们经过筛选之后使用前20个富集条目进行富集分析作图。作图时，我们选择图上显示Term_type、Description、Corrected_P-value共三个值，当然你也可以显示Rich_factor而不显示Corrected_P-value。
由于Corrected_P-value值从0-1都有，大小不一且差距较大，为了方便作图，我们需要对Corrected_P-value进行对数化，即转化为-log10（Corrected_P-value），注意是求负值。在Excel中即是插入一列，然后使用log函数求出相应的值即可。

为了把GO注释的三大类放在一起，我们需要对其进行筛选排序。

排序之后，我们把三大类相同的类型进行合并，以便后续作图。

到这一步，数据的准备工作就完成了，接下来就是图形的绘制。

画GO富集分析图画GO富集分析图

1、插入条形图，具体步骤为：插入-条形图-二维条形图。得到如下图空白图形所示。

2、点击“选择数据”，弹出“选择数据源”对话框，点击“图例项（系列）”下的“添加”，弹出“编辑数据系列”对话框（其中“系列名称”空置），“系列值”选取上一步取对数后的“log10（Corrected_P-value）”，然后点击“确定”返回“选择数据源”对话框。

3、点击“水平（分类）轴标签”下的“编辑”，弹出“轴标签”对话框，选定区域为“Term_type”和“Description”两列，点击“确定”即可得到初步的效果图。

图片的美化

1、添加横坐标轴标题：

菜单栏“布局”-“坐标轴标题”-“主要横坐标轴标题”-“坐标轴下方标题”，输入内容为“-log10（Corrected_P-value）”。

2、修饰坐标轴：
横坐标：

菜单栏“布局”-“坐标轴”-“主要横坐标轴”-“其他主要横坐标轴选项（M）”，“主要刻度线类型”选择“内部”，“次要刻度线类型”选择“无”，“坐标轴标签”选择“轴旁”。

纵坐标：

菜单栏“布局”-“坐标轴”-“主要纵坐标轴”-“其他主要纵坐标轴选项（M）”，“主要刻度线类型”选择“无”，“次要刻度线类型”选择“无”，“坐标轴标签”选择“轴旁”。

3、网格线修改：
菜单栏“布局”-“网格线”-“主要纵网格线”-“无”。

4、数据类型颜色修改：
三大类别，一类一种颜色，比如设置：Molecular Function红色，Cellular Component绿色，Biological Process蓝色。这一步没有办法批量修改，只能逐个修改。双击条形，弹出“设置数据点格式”对话框，选择“填充”-“纯色填充”，选择颜色。

颜色修改之后，得到如下所示图，但是右侧“图例”显示的很乱，没有按照三大类显示。接下来就得修改图例。

5、图例的修改：
选中图例进删除，每一种颜色只保留一个图例即可。
选中图例，右键-字体颜色选择白色，将原有的图例内容隐藏。

插入文本框，输入三大类内容，调整字体大小以及文本框的位置，整合文字和图例色标到合适的位置。

6、到这里，图就基本调整完成了，不过还有一些瑕疵，比如大类别“Cellular Component”的显示不太好、整个图片上字体的格式不太好，都可以加以调整。只要右键打开字体调整的对话框进行调整即可。

最终图片如下所示，所谓最终只是小编调整的最终图片，你也可以根据你的审美进行图片字体、颜色、线条等等的调整。

图片绘制完成之后，最好能保存成pdf格式的图片，这样可以保证图片不会失真。小编建议使用AI进行图片的导出和编辑。当然，学会使用AI之后，图例、图形颜色、字体等都可以在AI上进行更加专业的修改。有兴趣的朋友可以自行学习一下《带你“AI”编辑》这篇文章。
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