Ka/Ks表示的是非同义替换（Ka）和同义替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
同义/非同义突变概念
同义突变表示氨基酸没有改变，氨基酸没...
Ka/Ks表示的是非同义替换（Ka）和同义替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
同义/非同义突变概念
同义突变表示氨基酸没有改变，氨基酸没有改变就不会影响蛋白质的结构的与功能，这样生物活性没有受到损失，也就不会被自然选择掉。因此这些突变碱基就会保存下来。其保留下来的碱基等于其突变率。
非同义突变：表示氨基酸发生了改变，这样就影响了蛋白质的结构与功能，这样生物的生存能下降，有的则死亡，被自然选择掉。这样有些突变没有被保留下来，这样保留下来的突变碱基低于实际的突变率。
相关参数的意义
一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率 (Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka /Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks<1，则认为有纯化选择作用。
计算方法：
Ks = 同义突变SNP数/同义位点数， 即同义突变率
Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数， 即非同义突变率
同义突变SNP数= Σ同义SNP
非同义突变SNP数= Σ非同义SNP
同义位点数= Σ同义位点
非同义位点数= Σ非同义位点
Ka>>Ks或者Ka/Ks >> 1，基因受正选择(positive selection)
Ka＝Ks或者Ka/Ks ＝1，基因中性进化(neutral evolution)
Ka<<Ks或者Ka/Ks << 1，基因受纯化选择(purify selection)
选择压力ka/ks计算软件列表：
PAML－yn00
Kaks_calculator
K-estimator
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