序列分析软件-DNAman使用介绍(二)

上一期给大家介绍了使用DNAman进行多重序列比对的方法,想了解的可以点击链接查看:多序列比对分析-Dnaman很好用!其实DNAman还有很多其他功能,今天我在和大家分享一下。 1. 绘制质粒图谱 绘...

上一期给大家介绍了使用DNAman进行多重序列比对的方法,想了解的可以点击链接查看:多序列比对分析-Dnaman很好用!其实DNAman还有很多其他功能,今天我在和大家分享一下。

1. 绘制质粒图谱

绘制质粒图谱是DNAman比较成熟的功能之一,装载好质粒序列后(装载方法见:多序列比对分析-Dnaman很好用!)进行如下操作:点击Restriction-Draw Map,然后双击对话框右侧箭头所指即可打开参数设置对话框,如下如:

attachments-2020-09-aARjcnLg5f558a8e75845.pngGeneral是图参数常规设置,具体参数含义见下图:

attachments-2020-09-OvexpYil5f558a9b268da.pngElements比较重要,是添加元件的选项,可以设置元件类型颜色及命名,元件设置成功后鼠标选中还可以移动位置。

attachments-2020-09-DFvxqCZD5f558abc4670e.pngText可以添加文字及设置文字格式;Sites可以添加酶切位点;Drawing可以绘制着重框,成品图见下方:

attachments-2020-09-qxMhgIi15f558ae50882c.png

2. 序列展示

DNAman可以多形式展示序列信息,可通过复选框选择所需内容形式:如下:

attachments-2020-09-gWUUpuUF5f558b0c03ec6.jpgattachments-2020-09-N0lFi3zJ5f558b177e13a.png

3. 蛋白质翻译

DNAman可以快速翻译蛋白质序列,操作也非常简单,参数设置及结果见下图:

attachments-2020-09-h6oolIfo5f558b3ac1160.pngattachments-2020-09-DmgKfDAw5f558b42c040d.png

4. 在线Blast比对 

DNAman提供快速NCBI比对功能,并提供多种比对形式,如下图:

attachments-2020-09-ZWINaucO5f558b741686f.pngattachments-2020-09-FFiuvLvp5f558b7ff27e3.png

5. 开放阅读框(ORF)预测 

DNAman提供开放阅读框预测,如下图,可展示氨基酸氨基酸数量、起止位置:

attachments-2020-09-f8VM1qhZ5f558ba116e99.pngDNAman除了以上功能外,还有其他功能,如设计PCR引物、检索SiRNA等,但是个人感觉不是很好用,所以这里就不再细述了,感兴趣的可以自己尝试下!

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  • 发表于 2020-09-07 09:24
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  • 分类:软件工具

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