beta多样性中的距离矩阵总结
距离矩阵差别：jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac（weighted/unweigted）
Beta 多样性不同生态系统之间多样性比较：物种丰富度（有无）和均匀度（相对丰度）
先看纵向：
present/absence: 基于物种丰富度（种类有无）的计算距离矩阵，样品中稀有OTU数量对其影响较大，稀有OTU也就是相对丰度很低的微生物种类；
Abundance： 基于微生物均匀度（相对丰度）计算距离矩阵，主要决定于样品中相对丰度较高的物种，相对丰度低的稀有OTU对结果影响较小；
如何选择： 如果你的样品环境梯度较短或者变化不是那么剧烈，或者对照处理没那么变态，不会对环境中物种的种类引起较大的变化，建议选择：加权weighted unifrac，bray-curtis等距离；
相反的话jaccard和非加权的unweighted unifrac距离矩阵更好一些；
再横着看：
算法Unifrac距离法，是根据系统发生树进行比较，会根据16s的序列信息对OTU进行进化树分类， 因此不同OTU之间的距离实际上有“远近”之分。
而其他距离算法认为OTU之间的关系是平等的。
如下图所示：
- 发表于 2018-05-24 13:20
- 阅读 ( 12013 )
- 分类：宏基因组
