#方法2：
#GCTA 分析PCA
## vcf转bed格式
plink --vcf clean.sorted.vcf.gz --make-bed \
--out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \
--keep-allele-order --vcf-half-call missing
## 生成grm文件
gcta64 --bfile all.LDfilter -autosome --make-grm --out GA
## 进行PCA分析 主要做人的 要求为数字染色体:
#帮助文档https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Datamanagement
gcta64 --grm GA --pca 20 --out PCA_out --threads 10 \
--maf 0.05
GCTA主要是分析人的数据，如果分析其他动植物需要对染色体体进行重新编号，不然会报错：
--bfile all.LDfilter -autosome
--make-grm
--out GA
Note: GRM is computed using the SNPs on the autosome.
Reading PLINK FAM file from [all.LDfilter.fam]...
176 individuals to be included from FAM file.
176 individuals to be included. 0 males, 0 females, 176 unknown.
Reading PLINK BIM file from [all.LDfilter.bim]...
Error: Line 36188 of [all.LDfilter.bim] contains illegal chr number, please check
An error occurs, please check the options or data
