STAMP使用（组间差异）

用FAPROTAX数据库注释得到的功能表，可以在STAMP内进行组间差异分析，且软件绘制出的图片精美，可直接用于文章发表。一.STAMP软件简介 1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件，...

用FAPROTAX数据库注释得到的功能表，可以在STAMP内进行组间差异分析，且软件绘制出的图片精美，可直接用于文章发表。

一.STAMP软件简介

1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件，提供了多种假设检验方法以及不同类型的结果图片。

2.软件下载地址： https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMP （按照提示安装即可）

二.使用方法

1.需准备的输入文件：

（1）物种功能表（用faprotax注释直接得到，方法：https://www.omicsclass.com/article/1330）

（2）样本信息表

2.步骤

（1）打开软件：点击左上角 file --> load data

（2）输入文件1，2

(3)点击OK得到如下结果，粉色标记下选择图片类型，黄色标记下可更改图片大小，标注等

（4）在左侧选择要比较的分组，多组推荐ANOVA进行假设检验，两组样品推荐Welch’s t-test（非正态分布，方差不齐）

方法	描述
ANOVA（多组）	用于检验多组均值是否相等的方法。可被认为是可分析多组的t-test
Kruskal-Wallis H-test （多组）	无参数的秩合检验方法，检验多组的中位数是否相等。它考虑样品排序位置而不是真实数值或比例。它不基于数据是正态分布的前提。此方法要求每组至少5个样本。
t检验	假设两组有相同的方差，当假设成立时，它比Welch’s检验更强，主要用于样本含量较小（例如n<30），总体标准差σ未知的正态分布。
Welch’s t-test	t-test的一种变形，用于当两组无法满足方差相同的假设时使用。
White’s无参t-test	无参数的检验，由White为临床宏基因组数据分析提出。此方法使用排序过程移除标准t-test的正态假设。

多重检验校正

Benjamini-Hochberg FDR	控制假阳性率FDR
Bonferroni	控制整体错误率的经典方法，被批评太保守
Sidak	在整体错误率控制中使用不多，但均匀分布数据上比Bonferroni更强，但需要假设个体检验是独立的
Storey’s FDR	控制FDR的新方法，比BH更强。需要估计一些参数和更多的计算资源。

选择适合样本方法绘图：可看到两组样本中哪些功能具有显著差异及P值大小。

（5）保存图片，建议pdf格式。