WGCNA的分析要求,其实在WGCNA官网的FAQ中有介绍。我整理一些大家常问的问题,供大家参考:
1. 需要多少个样本?
1.1 至少需要15个样本,推荐20个以上的样本。
1.2 样本越少,网络的噪音就越大,样本越多,网络就更加的稳健。
2. 基因是否需要进行筛选?
2.1 一般对表达量低,在样本间变化不大的基因过滤掉。
2.2 强烈不建议采用差异表达的基因进行WGCNA分析, 因为差异表达的基因,就是的样本失去了多样性。
3. RNA-seq 数据是否可以进行WGCNA分析?
3.1 转录组的数据可以进行WGCNA的分析 。
3.2 基因的表达量需要进行标准化才可以分析 。
4. WGCNA 的分析基础是什么?
1. WGCNA的分析基础是基于表达矩阵,构建一个无尺度的网络,再基于网络的一些理论和算法进行分析。
2. 分析结果的好坏,关键就看是否能构建好一个满足要求的无尺度网络。
如果你的数据不满足分析要求,你采用WGCNA分析一下,也会出来一个结果,只有了解了WGCNA的分析基础和原理,才能知道分析出来的结果是否可靠。
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