WGCNA分析要求

WGCNA常见问题

WGCNA的分析要求,其实在WGCNA官网的FAQ中有介绍。我整理一些大家常问的问题,供大家参考:

1. 需要多少个样本?

    1.1 至少需要15个样本,推荐20个以上的样本。

    1.2 样本越少,网络的噪音就越大,样本越多,网络就更加的稳健。

2. 基因是否需要进行筛选?

    2.1  一般对表达量低,在样本间变化不大的基因过滤掉。 

    2.2 强烈不建议采用差异表达的基因进行WGCNA分析, 因为差异表达的基因,就是的样本失去了多样性。

3. RNA-seq 数据是否可以进行WGCNA分析?
     3.1 转录组的数据可以进行WGCNA的分析  。

     3.2  基因的表达量需要进行标准化才可以分析 。

4. WGCNA 的分析基础是什么?

    1. WGCNA的分析基础是基于表达矩阵,构建一个无尺度的网络,再基于网络的一些理论和算法进行分析。

    2. 分析结果的好坏,关键就看是否能构建好一个满足要求的无尺度网络。

 

 如果你的数据不满足分析要求,你采用WGCNA分析一下,也会出来一个结果,只有了解了WGCNA的分析基础和原理,才能知道分析出来的结果是否可靠。


如果您对WGCNA数据挖掘感兴趣,请学习我们的WGCNA相关课程:

WGCNA加权基因共表达网络分析


  • 发表于 2018-05-25 10:04
  • 阅读 ( 11634 )
  • 分类:转录组

4 条评论

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