PCAI型标尺与II型标尺
I型标尺与II型标尺
I型标尺与II型标尺
然而，对于对象-对象之间、以及变量-变量之间关系的描述，由于没有任何一种方法可以在同一个双序图中同时展示对象和变量的关系，因此存在两种标尺（scaling）选择。
如果主要目的是解释对象之间的关系，则可将PCA排序图执行I型缩放，即I型标尺（scaling 1）-距离双序图（distance bioplot）。特征向量被标准化为单位长度，关注的是对象之间的关系。双序图中对象之间的距离近似于多维空间内的欧式距离，代表变量箭头之间的角度没有意义。
变量之间的相关性是通过变量向量之间的角度，而非向量顶点之间的距离来描述的。若期望关注变量间的相关性，需将PCA排序图执行II型缩放，即II型标尺（scaling 2）-相关双序图（correlation bioplot）。特征向量被标准化为特征根的平方根，关注的是变量之间的关系。双序图中对象之间的距离不再近似于多维空间内的欧式距离，代表变量箭头之间的夹角反映变量之间的相关性。
例如，对象是样方、变量是物种时，分别通过两种类型的标尺展示样方间距离或者物种间相关性。
这里的对象一般指样本，变量指物种；
- 发表于 2020-12-02 22:13
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- 分类：宏基因组
