miRNA的鉴定:利用miRDeep2软件进行已知及新（保守及非保守）的miRNA鉴定。miRDeep2会在reads比对到基因组上的位置两端分别延伸75、15bp进行结构预测。
1、安装
下载链接：https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.zip
参考说明：https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2
2、分析流程
第一步：建立索引（Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa为参考基因组序列）
bowtie-build Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds
第二步：将read回帖到参考基因组
perl mapper.pl mapper.cfg -c -j -l 18 -m -v -d -p Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds
-s Total_reads_collapsed.fa
-t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf
部分参数含义:
- -c 表示输入文件是fasta
- -j 移除ATCGUNatcgun以外的字符
- -l 18 剔除长度在18 bp以下的序列
- -m 合并相同的reads
- -v 输出过程报告
- -d 如果要处理多个样本，则指定配置文件（mapper.cfg ）
- -h 如果不是fasta，用该参数处理成fasta
- -k 表示去除接头序列
- -p bowite索引
- -s 处理后的read （Total_reads_collapsed.fa）
- -t 处理后比对文件 （Total_reads_collapsed_vs_genome.arf）
第三步：快速定量(可跳过)
quantifier.pl
precursors.fa mature.fa reads.fa star.fa/none species/none \
timestamp/none pdf
输出结果为miRNA_expressed.csv, 记录每个样本的每个miRNA的count数，结果同样可以用网页打开查看
第四步：鉴定已知和未知的miRNA
miRDeep2.pl Total_reads_collapsed.fa Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa Total_reads_collapsed_vs_genome.arf \
mature_ref_this_species.fa
mature_ref_other_species.fa \
precursors_ref_this_species.fa -t C.elegans
2> report.log
参考资料：https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/blob/master/TUTORIAL.md
