UCSC Xena
功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。
热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
对任何展示的变量(不同表型病人的比较，不同基因表达的比较，突变有无的比较，甲基化水平的变化)都可以进行生存分析，绘制KM-plot，计算其对病人生存率的影响。
热图可以根据任一变量排序，然后查看其它变量的变化。如根据药物处理状态排序，查看基因的表达或修饰的变化。
cbiportal数据库
cbioportal数据库是一个基因组数据分析的可视化工具。目前为止收录了169个来源于TCGA、ICGC等多个数据库和已经发表论文的研究数据库。提供的数据类型有 somatic mutation、copy number variation、gene expression RNASeq、DNA methylation、蛋白丰度，数据都是可以下载的。
firebrowse
网址http://www.firebrowse.org/。 使用情景：firebrowse网站是将TCGA的数据进行了全面分析。提供有突变全景图、拷贝变异情况等。另外firebrowse提供了TCGA分析报告。可以提供例如在乳腺癌中哪些基因的CNG和mRNA表达增加最相关、哪些基因的表达和甲基化最相关等等这些top信息。
Fire Browse（http://firebrowse.org/），这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal。该网站在TCGA数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。下面我们就进入正题，网站主页是这样的：
接着我们还要提一下另外一个和Fire Browse非常相近的FireHouse，这个和Firebrowse的关系，就是Fire Browse是FireHouse的浏览器，FireHouse是数据的存储站。
oncolnc
专门绘制生存曲线的网站。在Q2：查询TP53基因突变/CNG/高表达对乳腺癌生存预后的影响。有哪些方法。适用场景是什么中有介绍
gepia网站
提供有便捷地查询基因在肿瘤/正常组织的表达情况。还提供有其他功能，但是常用的是基因在肿瘤和正常的表达情况。
- 这里面的正常组织是使用了GTEx数据库的数据的。
- 使用的癌症数据是TCGA癌症数据、使用的正常组织是TCGA的正常组织和GTEx数据。
- 如果需要绝对严谨的数据还是结合TCGA的数据自行分析
tanric
主要针对ncRNA建立的数据库。
