SNP不能转化成CAPS标记？来试试dCAPS吧！
之前在 如何将SNP标记转化成可跑胶验证的CAPS标记 文章中介绍了一种将SNP标记转换为CAPS标记的方法，今天，小编再给大家介绍一种应用范围更广的标记——dCAPS。
dCAPS简介
dCAPS听名字就知道和CAPS有很大的关系，它是由CAPS标记衍生的分子标记。dCAPS是通过引物引入错配的碱基，从而构建或者去除限制性内切酶识别位点的标记技术。
dCAPS的优势
CAPS仅限于突变位点能够产生或破坏限制酶识别位点的情况，而dCAPS没有此限制，几乎所有SNP都可转化为dCAPS标记。此外，CAPS的优势dCAPS同样具有。
dCAPS的工作原理
如图所示，1 中的两条序列分别是野生型与突变型个体的DNA序列，倒数第3位碱基为SNP位点，该位点不在限制性内切酶识别位点上。但若将TG（1 中绿色字体）改为CC，则该SNP位点将位于 BslI 限制性内切酶识别位点上。因此，通过引物引入错配的碱基CC,将构建限制性内切酶识别位点，酶切后通过琼脂糖或丙烯酰胺凝胶电泳分离时，由RE切割的PCR产物将容易区分出不同的模式。
dCAPS引物设计
dCAPS引物设计的软件较少，大多使用的都是网页版的 dCAPS Finder 2.0，少数引物的设计可以使用该软件，地址：http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
使用方法：
分别输入两种类型的序列。需注意的是，除SNP外，两条序列是相同的；SNP最好位于序列中间，两边各有25bp左右的碱基；序列总长度不能超过60bp；并且只允许出现A、C、G、T四种字符。
第三个输入框中输入允许的错配碱基数，如果是0，则寻找的是CAPS标记。
提交运行，可能会花一点时间，耐心等候。
dCAPS Finder 2.0只是设计了一端的引物，另一端需要另外设计，使用primer 3.0或5.0都可以实现，这个属于常用技能了，在此就不额外介绍了。
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- 发表于 2018-05-30 13:41
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