使用说明:

$Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list
                                                   [-d ann.db] [-t idtype]
                                                   [-s show.type]
                                                   [-O organism]
                                                   [-p pvalueCutoff]
                                                   [-q qvalueCutoff]
                                                   [-c showCategory]
                                                   [-n prefix] [-o outdir]
                                                   [-H height] [-W width]
KEGG enrich analysis : https://www.omicsclass.com/article/1503
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gene.list, --gene.list gene.list
                        diff expressed gene list file, required
  -d ann.db, --ann.db ann.db
                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:
                        https://www.omicsclass.com/article/1244 [optional,
                        default: org.Hs.eg.db ]
  -t idtype, --idtype idtype
                        deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME
                        [optional, default: SYMBOL ]
  -s show.type, --show.type show.type
                        set example ID type name [optional, default: ENTREZID
                        ]
  -O organism, --organism organism
                        organism ,for more info visit:
                        https://www.omicsclass.com/article/787 [optional,
                        default: hsa ]
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.05 ]
  -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff
                        qvalue cutoff on enrichment tests to report as
                        significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on
                        unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted
                        pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be
                        reported., [optional, default: 0.2 ]
  -c showCategory, --showCategory showCategory
                        how many KEGG Category to show, [optional, default: 10
                        ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: KEGG ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 5]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 7]

参数说明：

-g 输入基因列表文件：  脚本会读取第一列基因ID作为基因集：

-d 物种注释数据库： 人的：org.Hs.eg.db 

-t 指定输入基因列表的ID类型

使用举例:

Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \
  -o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa \
  --idtype SYMBOL

结果展示：

参考文献：

Yu G, Wang L, Han Y, He Q (2012). “clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters.” OMICS: A Journal of Integrative Biology, 16(5), 284-287. doi: 10.1089/omi.2011.0118.