使用说明：

$Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g
                                                   gmtfile [-p pvalueCutoff]
                                                   [-t pvalueCutoff]
                                                   [-n prefix] [-o outdir]
                                                   [-H height] [-W width]
GSEA enrich analysis :https://www.omicsclass.com/article/1504
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -a all.deg.file, --all.deg.file all.deg.file
                        all diff express gene list file,must include log2FC
                        column, required
  -g gmtfile, --gmtfile gmtfile
                        GSEA gmtfile function class file, required
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.1 ]
  -t top, --top top
                        top NES for barplot [optional, default:10 ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: GSEA ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 5]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 5]

参数说明：

-a 输入差异基因分析所以的结果； 必须含有log2FC这列差异倍数信息，用于GSEA排序；

-g 指定 gmt文件  基因集： 更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb

使用举例：

#更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb
wget -c https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.4/c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt

Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r   --all.deg.file $workdir/04.deg/S1_vs_S2.all.tsv \
  --gmtfile  c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt -o GSEA -n S1_vs_S2_KEGG -p 0.05 

结果展示：

富集结果：

Description为基因集的名字，setSize代表该基因集下的基因总数，enrichmentScore代表Enrichment score, NES代表归一化后的Enrichment score,    pvalue，表征富集结果的可信度， qvalue是多重假设检验矫正后的p值。

富集图：

分成3个部分，

第一部分为基因Enrichment Score的折线图，横轴为该基因下的每个基因，纵轴为对应的Running ES, 在折线图中有个峰值，该峰值就是这个基因集的Enrichemnt score，峰值之前的基因就是该基因集下的核心基因。

第二部分为hit，用线条标记位于该基因集下的基因 

第三部分为所有基因的rank值分布图, 对应了纵轴的标题。

参考文献：

Yu G, Wang L, Han Y, He Q (2012). “clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters.” OMICS: A Journal of Integrative Biology, 16(5), 284-287. doi: 10.1089/omi.2011.0118.