使用说明：

输入生存数据与基因表达量可以做批量单因素cox回归分析

$ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --h
usage:  univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g
                                                         expset [-t time]
                                                         [-e event]
                                                         [-l pvalue]
                                                         [-b blocksize]
                                                         [--log2] [-o outdir]
                                                         [-p prefix]
batch unvariate cox regression gene expression
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -m metadata, --metadata metadata
                        input metadata file path with suvival time [required]
  -g expset, --expset expset
                        input gene expression set file [required]
  -t time, --time time  set suvival time column name in metadata [default
                        TIME]
  -e event, --event event
                        set event column name in metadata [default EVENT]
  -l pvalue, --pvalue pvalue
                        pvalue cutoff to choose sig gene [default 0.01]
  -b blocksize, --blocksize blocksize
                        Number of variables Parallel to test in each [default
                        2]
  --log2                whether do log2 transfrom for expression data
                        [optional, default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

参数说明：

-m 输入生存数据：

event 列： 0表示事件没有发生，1表示事件发生；  0表示alive，1表示死亡；

-g 输入基因表达量文件

使用举例：

Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r -m metadata_survival_time.tsv \
   -g deg_gene_exp_tpm.tsv  -e EVENT -t TIME -p  imm.unicox  --pvalue 0.01

批量cox分析 结果：

脚本获取与使用课程：https://study.163.com/course/introduction/1211864801.htm?share=1&shareId=1030291076

参考文献：

使用R包 survival 做cox分析

Therneau T (2021). A Package for Survival Analysis in R. R package version 3.2-11, https://CRAN.R-project.org/package=survival.

Terry M. Therneau, Patricia M. Grambsch (2000). Modeling Survival Data: Extending the Cox Model. Springer, New York. ISBN 0-387-98784-3.