最新2区转录组文章！看人家是怎么写的！
2021年转录组有多便宜，转录组文章就有多难发，一般人对期刊已经放弃要求；优秀的人却仍可以游走在2区行列，人家是怎么做到的呢？我们一起去看看！
文章简介
该文章是6月21日发表在BMC Genomics（IF=3.594，中科院分区：2区）的一篇研究拟南芥春化作用和冷驯化关系的转录组文章，下面我们一起看一下这篇文章都有哪些内容。
1. 拟南芥春化动态转录组结果
作者以拟南芥FRI-Col (Col-0 突变，拟南芥花期延后)设置了8个时间点，如下图A，该部分作者展示了转录组数据的基本情况，均是比较套路的写法，如样本相关性，差异基因数，不同组合间韦恩图，全部基因时序表达热图及不同Go term注释基因数等。
2. 冷驯化和春化的关系
接下来作者重点研究了与冷驯化和春化相关通路的基因，如FLC, VIN3,CBF1和HOS1等，并且Qpcr验证了相关基因的表达模式，从冷驯化和春化两个通路关键基因响应时间先后分析，两个生物学过程是相对独立的。
3. 冷驯化和春化反应的加权基因共表达网络分析（WGCNA）
作者进一步利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）分析冷驯化和春化之间的关系，如下图，分析表明冷驯化涉及3个阶段：一是即时冷反应，与乙烯和茉莉酸（JA）及C2H2锌指信号有关；二是对冷处理28-30d温度变化的快速、持久的响应，与生长素途径有关；三是对长期冷驯化的响应，与泛素化途径有关。
4. 春化反应中的可变剪接事件
可变剪接与温度响应有关，作者又分析了冷驯化期间可变剪接事件变化情况，如下图，冷暴露期间内含子保留（RIs）的比例下降，外显子互斥（MXEs）1d后出现，3′端可变剪接（A3SS）的比例也显著增加，表明植物通过改变可变剪接事件应对冷驯化。
总结
BMC Genomics是2区期刊，2015年之前，转录组发表在该期刊是比较容易的，甚至做一个样品的无参组装就可以发，不过这已经成为老黄历了。
目前看，没有像样的实验数据加以支持，仅靠转录组数据想发表在这个期刊是很难的！不过，该篇拟南芥春化和冷驯化的文章没有实验数据为啥能发呢？
我觉得有以下几点：
1. 材料特殊：作者拟南芥FRI-Col (Col-0 突变，拟南芥花期延后)，一般拟南芥发芽后4周左右开花，难以模拟40天左右的春化作用，FRI-Col突变株是研究拟南芥春化作用的好材料。
2. 设置取样时间点较多，贯穿实验全程，可更好观察春化过程中基因表达的动态变化；另外，较多时间点非常适合WGCNA分析，这也是本文亮点之一。
3. 关注性状相关通路及基因梳理较为清晰，并根据转录组数据提出春化和冷驯化相关的信号通路是相互独立的。
4. 关注可变剪接事件与冷驯化的关系，可变剪接数据一般人很少分析，更是研究热点，值得借鉴。
综上，这是一篇非常不错的值得借鉴的文章，近期有转录组文章需求的老师可以下载原文查看更多详细信息。
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8218483/
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- 发表于 2021-06-29 09:56
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- 分类：文献解读
