使用方法:

Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -h
usage: /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r [-h] -i maffile -m metadata
                                                   -g group
                                                   [-a additive [additive ...]]
                                                   [-T topgene]
                                                   [-l genelist [genelist ...]]
                                                   [-t] [-o outdir]
                                                   [-H height] [-W width]

Mutation annotation file classification
visualization:https://www.omicsclass.com/article/1518

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i maffile, --maf maffile
                        input the maf file[required]
  -m metadata, --meta metadata
                        input metadata file path[required]
  -g group, --group group
                        input group id in metadata file to classification
                        visualization[required]
  -a additive [additive ...], --additive additive [additive ...]
                        add additional class[optional,default: NULL]
  -T topgene, --top topgene
                        Number of top genes displayed [optional, default: 20]
  -l genelist [genelist ...], --genelist genelist [genelist ...]
                        the selected gene list to display [optional, default:
                        NULL]
  -t, --showtitle       whether show maftools title of plot [optional,
                        default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 8]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 8]

参数说明：

-i   突变注释文件maf的路径，可从TCGA数据库中直接下载：

-m   metadata文件，病人样本的各种特征信息，必须包含以patient命名的患者TCGA编号列：

-g   指定metadata 分组列名，如果分组名字有空格，应该用引号引起来

-a   附加分组列名，结果将在图中显示

-T   可指定所要展示的top基因个数，默认20

-l   可指定所要展示的基因列表，基因之间用空格隔开，默认NULL

使用举例：

Rscript  /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r  -i /share/nas1/zhangll/MAF/TCGA-ESCA.maf_maftools.maf -m /share/nas1/huangls/project/TCGA_ESCA/metadata.tsv -g gender

结果展示：

瀑布图：