GOChord_plot.r GOplot包绘制GO弦图

R包GOplot将GO富集分析结果可视化，绘制弦图

使用方法:

$Rscript $scriptdir/GOChord_plot.r -h
usage: /share/nas1/fangs/test/Ferroptosis-Related/TCGA-ESCC/scripts/GOChord_plot.r
       [-h] -g GO_DATA -d DEG_DATA [--no_logFC] [--gene GENE] [--GO GO]
       [-z GENE_SIZE] [-S GENE_SPACE] [-s GO_SPACE] [-t TITLE] [-o OUTDIR]
       [-p PREFIX] [-H HEIGHT] [-W WIDTH]

GOChord plot:https://www.omicsclass.com/article/1532

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g GO_DATA, --GO_data GO_DATA
                        input a GO enrichment analysis data,the data with
                        columns for 'category','ID','term',adjusted
                        p-value('adj_pval') and 'genes'[required]
  -d DEG_DATA, --deg_data DEG_DATA
                        input the result of differential expression analysis
                        corresponding to GO enrichment analysis,the data with
                        columns for 'ID', 'logFC'[required]
  --no_logFC            There is no logFC value[optional,default False]
  --gene GENE           The number of GOterms associated with a
                        gene[optional,default 3]
  --GO GO               The number of genes associated with a
                        GOterms[optional,default 5]
  -z GENE_SIZE, --gene_size GENE_SIZE
                        The size of the gene name[optional,default 5]
  -S GENE_SPACE, --gene_space GENE_SPACE
                        The spacing between genes[optional,default 0.25]
  -s GO_SPACE, --GO_space GO_SPACE
                        The spacing between GOterms[optional,default 0.02]
  -t TITLE, --title TITLE
                        the title of the String figure[optional,default
                        GOChord_plot]
  -o OUTDIR, --outdir OUTDIR
                        output file directory[optional,default cwd]
  -p PREFIX, --prefix PREFIX
                        out file name prefix[optional,default GOChord_plot]
  -H HEIGHT, --height HEIGHT
                        the height of the String figure[optional,default 18]
  -W WIDTH, --width WIDTH
                        the width of the String figure[optional,default 20]

参数说明：

-g 输入GO富集分析结果文件，文件的列中必须含有"category"(BP/CC/MF)、''ID"(GO ID)、"term"(功能描述)、"adj_pval"(校正后的p值)和"genes"(每个GO term中含有的gene ID)：

category	ID	term	GeneRatio	BgRatio	pvalue	adj_pval	qvalue	genes	Count
BP	GO:0006979	response to oxidative stress	10/37	458/18866	1.25E-08	1.79E-05	1.27E-05	TXNIP/FANCD2/ANGPTL7/NOX4/NCF2/HSPB1/PRKAA2/G6PD/TNFAIP3/HBA1	10
BP	GO:0062197	cellular response to chemical stress	8/37	360/18866	3.87E-07	0.000277	0.000198	FANCD2/SLC2A1/NOX4/NCF2/HSPB1/PRKAA2/G6PD/TNFAIP3	8
BP	GO:0001894	tissue homeostasis	7/37	261/18866	6.46E-07	0.000308	0.000220	TFRC/ALB/SLC2A1/NOX4/HSPB1/TF/TNFAIP3	7

-d 输入用于GO富集分析的基因文件，文件列中必须含有""ID"(gene ID)和"logFC"(差异倍数），若没有差异倍数，会添加"logFC"列并将差异倍数设置为0：

ID	FDR	PValue	logFC	Regulate
MT1G	2.24E-12	8.09E-15	-4.156082	Down
PLIN4	6.05E-12	2.55E-14	-3.419216	Down
RRM2	6.55E-09	6.50E-11	2.694453	Up

--no_logFC

输入文件是否有差异倍数，有则无需设置，没有则需要设置该参数

--gene 5 --GO 4

--gene是设置每个gene至少对应的GO term数，如基因对应的GO term数没有达到设置的值，那么该gene将不会在图中显示

--GO是设置每个GO term至少含有的gene数，如GO term含有的gene数没有达到设置的值，那么该GO term也将不会在图中显示

-z 5 -S 0.25 -s 0.02

-z是设置图中gene ID的字体大小，-S是设置图中gene间的间隔大小，-s是设置图中GO term间的间隔大小

使用举例：

$Rscript $scriptdir/GOChord_plot.r -g GO/TP_vs_NT_GO_enrichment_stat.tsv \
    -d ../03.deg/fer_deg_gene.tsv --gene 5 --GO 4

结果展示：

发表于 2021-08-25 15:30
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分类：R