群体遗传进化进化树分析方法：


cd $workdir  #回到工作目录
mkdir 01.phylo_tree
cd 01.phylo_tree
#文件格式转换
run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  \
    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter
#最大似然法构建进化树
#方法1：fasttree 构建进化树
fasttree -nt -gtr  supergene.phy   >  fasttree.nwk
#方法2：iqtree 构建进化树  设置boots值，最大似然法
iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2  -mem 8G \
    -m  GTR  -redo \
    -B 1000 -bnni \
    --prefix iqtree 
    
#方法3：raxml 构建进化树 最大似然法
#raxml-ng  -msa supergene.phy --model GTR  --prefix raxml_tree \
    #    --threads 2 --seed 123   1>raxml.log 2>raxml.err
## with bootstrap
#raxml-ng -all  -msa supergene.phy --model GTR --bs-trees 1000 \
    #    --prefix raxml_tree_bootstrap --threads 2 --seed 123   1>raxml_bs.log 2>raxml_bs.err
#方法4：phylip NJ法构建进化树  Phylip 格式对样品ID字符要求不超过10个，不然会截断
cp supergene.phy infile
echo -e "Y\n" |dnadist
cp infile.dist infile
echo -e "Y\n"  |neighbor
mv outtree outtree.nwk

#进化树美化：https://www.omicsclass.com/article/671

视频课程推荐：

重测序数据自主分析：

https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ

群体遗传进化分析

https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076

发表于 2021-09-01 13:25
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分类：遗传进化

群体遗传进化进化树分析方法：

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