#方法1：
## plink分析PCA
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out plink_pca \
--allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --vcf-half-call missing
#绘图
pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca
#方法2：
## smartpca分析PCA
vcf2smartpca.py --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz -q 20 -g $GROUP -p passing_snps_q20
smartpca -p par.passing_snps_q20 > passing_snps_q20_logfile.txt
#绘图展示
smartpca_plot.r -i passing_snps_q20_loci.evec -f $GROUP -g group --name smartpca
smartpca_plot.py -i passing_snps_q20_loci.evec -v passing_snps_q20_loci.eval -p smartpca3d
