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#XP-EHH 分析  https://github.com/szpiech/selscan

cd  $workdir/05.select_sweep

mkdir xpehh

cd xpehh

#vcftools --gzvcf $workdir/00.filter/clean.vcf.gz --plink --out myplink

#selscan 不允许缺失

vcftools --gzvcf  $workdir/data/cucu.vcf.gz --max-missing 1  \

    --recode --recode-INFO-all \

    --stdout |gzip - > nomissing.vcf.gz

for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do

vcftools --gzvcf nomissing.vcf.gz --chr $i  \

    --recode --recode-INFO-all \

    --stdout |gzip - > nomissing.$i.vcf.gz

vcftools --gzvcf nomissing.$i.vcf.gz --plink --out myplink.$i

vcftools --gzvcf nomissing.$i.vcf.gz  --keep  ../wild_popid.txt \

    --recode --recode-INFO-all \

    --stdout |gzip - > wild.$i.vcf.gz

vcftools --gzvcf  nomissing.$i.vcf.gz  --keep  ../cultivated_popid.txt \

    --recode --recode-INFO-all \

    --stdout |gzip - > cultivated.$i.vcf.gz

done

for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do

selscan --xpehh --vcf wild.$i.vcf.gz --vcf-ref cultivated.$i.vcf.gz \

    --map myplink.$i.map --out wild.cultivated.$i.xpehh.txt --max-gap 20000000

done

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#sweeD，基于复合似然比测试检验全基因组选择清除分析，在SweepFinder算法基础上改进，并且全面优于前者。

cd  $workdir/05.select_sweep

mkdir sweeD

cd sweeD

cat $GROUP |grep EastAsian |cut -f 1 >EastAsian_popid.txt

vcftools --gzvcf $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  --keep  EastAsian_popid.txt \

    --recode --recode-INFO-all \

    --stdout   > EastAsian.vcf

SweeD -name test -input EastAsian.vcf -grid 10000