绘制简单圈图—RCircos包
RCircos包绘制简单圈图
#加载RCicos包，如果第一次使用，需要先安装
install.packages("RCircos")
library(RCircos)
#绘制染色体图形
#导入RCicos包内置的人类染色体数据
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
数据展示：
第一列是染色体编号，第二列是染色体片段起始位点，第三列是染色体片段结束位点，第四列是染色体片段编号，第五列是染色体片段颜色。
#设置染色体数据
cyto.info<-UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram
#设置不显示的染色体，如c("chrX", "chrY")
chr.exclude<-NULL
#设置内部环形个数
tracks.inside<-3
#设置外部环形个数
tracks.outside<-0
#导入上面四个基本参数
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info,chr.exclude,tracks.inside,tracks.outside)
#列出所有绘图参数
RCircos.List.Plot.Parameters()
#绘制染色体图形
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()
结果展示：
#染色体上添加基因名称及其对应的位置 #加载RCicos包内置的RCircos.Gene.Label.Data数据集 data(RCircos.Gene.Label.Data)
数据展示：
第一列是染色体编号（需要与第一步导入的染色体数据一致），第二列是基因在染色体片段的起始位点，第三列是基因在染色体片段的结束位点，第四列是基因ID。
#指定内容在内侧的环形还是外侧的环形生成 side<-"in" #染色体上添加基因对应的位置，指定内容在第几个环形生成 track.num<-1 #绘制基因对应的位置 RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,track.num,side)
结果展示：
#染色体上添加基因名称，指定内容在第几个环形生成 track.num<-2 #指定基因名在数据的第几列 name.col<-4 #添加基因名称 RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side)
结果展示：
#添加直方图类型的环形 #加载内置的RCircos.Histogram.Data数据集 data(RCircos.Histogram.Data)
数据展示：
第一列是染色体编号（需要与第一步导入的染色体数据一致），第二列是染色体片段的起始位点，第三列是染色体片段的结束位点，第四列是染色体片段突变频率。
#指定以第4列数据做为图形中直方的纵坐标 data.col<-4 #指定内容在第几个环形生成 track.num<-3 #指定图形在内侧环形生成 side<-"in" #添加直方图 RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data,data.col,track.num,side)
结果展示：
- 发表于 2021-09-18 11:30
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- 分类：R
