R语言ggplot绘图基础—密度图的绘制

密度图是直方图的平滑版本，用于计算并绘制数据的核密度估计，能够更好的界定分布的形状。使用geom_density函数可以绘制密度图。

绘制密度图

使用数据如下：

set.seed(1234)
df <- data.frame(
  sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)),
  weight=round(c(rnorm(200, mean=55, sd=5),
                 rnorm(200, mean=65, sd=5)))
  )
head(df)
  sex weight
1   F     49
2   F     56
3   F     60
4   F     43
5   F     57
6   F     58

绘制基础密度图:

library(ggplot2)
# Basic density
p <- ggplot(df, aes(x=weight)) + 
  geom_density()
p
# Add mean line
p+ geom_vline(aes(xintercept=mean(weight)),
              color="blue", linetype="dashed", size=1)

更改线型和颜色：

# 更改线的颜色和填充
ggplot(df, aes(x=weight))+
  geom_density(color="darkblue", fill="lightblue")
# 更改线型
ggplot(df, aes(x=weight))+
  geom_density(linetype="dashed")

绘制分组密度图

计算每组平均数：

library(plyr)
mu <- ddply(df, "sex", summarise, grp.mean=mean(weight))
head(mu)
  sex grp.mean
1   F    54.70
2   M    65.36

绘制分组密度图：

# 更改密度图线的颜色

# 更改密度图线的颜色
ggplot(df, aes(x=weight, color=sex)) +
  geom_density()
# 添加平均数线
p<-ggplot(df, aes(x=weight, color=sex)) +
  geom_density()+
  geom_vline(data=mu, aes(xintercept=grp.mean, color=sex),
             linetype="dashed")
p

也可以使用以下功能手动更改密度打印线颜色：

•scale_color_manual()：使用自定义颜色

•scale_color_brewer()：使用RColorBrewer包中的调色板

•scale_color_grey()：使用灰阶颜色

# 使用自定义颜色
p+scale_color_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# 使用RColorBrewer包中的调色板
p+scale_color_brewer(palette="Dark2")
# 使用灰阶颜色
p + scale_color_grey() + theme_classic()

更改填充颜色：

# 按组更改密度图颜色
ggplot(df, aes(x=weight, fill=sex)) +
  geom_density()
# 使用半透明填充
p<-ggplot(df, aes(x=weight, fill=sex)) +
  geom_density(alpha=0.4)
p
# 添加平均数线
p+geom_vline(data=mu, aes(xintercept=grp.mean, color=sex),
             linetype="dashed")

也可以使用以下功能手动更改密度图填充颜色：

•scale_fill_manual()：使用自定义颜色

•scale_fill_brewer()：使用RColorBrewer包中的调色板

•scale_fill_grey()：使用灰阶颜色

# 使用自定义颜色
p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# 使用RColorBrewer包中的调色板
p+scale_fill_brewer(palette="Dark2")
# 使用灰阶颜色
p + scale_fill_grey() + theme_classic()