Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，可以对基因组广泛使用的数据格式如BAM、BED、GFF、VCF等进行交集、并集、计数及格式转变等操作。想更详细的了解Bedtools可参考官方教程：bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentation。
基因组特征可以是功能元件（如基因），基因多态性（SNP、INDEL、SV）等，最基本的基因组特征是其所在的染色体、起始位置、终止位置、正负链特征，广泛使用的基因组格式为BED文件及GFF文件。
Bedtools bamtobed命令将BAM文件转换为BED文件：
$bedtools bamtobed -i test.bam
-bedpe参数，可以将BAM格式转变为BEDPE格式，只有成对双端的reads才会被输出，默认的输出格式是BED格式；
-bed12，可以输出BED12格式，默认的输出格式是BED6格式；
-tag，可以用BAM中其他tag当作BED score，默认的BED score值是BAM文件中的MAPQ值；
-cigar，会输出cigar值当作BED文件的第七列。
Bedtools bedtobam命令用于将BED文件转换成BAM文件：
$bedtools bedtobam -i test.bed -g human.hg18.genome > test.bam
-mapq，设定输出BAM文件的mapping quality，默认的mapping quality是255；
-ubam，输出未压缩的BAM文件，默认输出的是压缩后的BAM文件。
Bedtools bamtofastq命令用于从比对的BAM文件中提取fastq文件：
$bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test.fastq
-fq2,可以将成对的fastq文件分别输出到两个文件中，但输入的BAM文件需要先对reads按名字进行排序，默认-fq输出fastq文件。
