cnv_dumbbell_plot.r 绘制哑铃图ggplot2包
R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
使用方法:
$Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h
usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT]
[-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX]
CNV_Dumbbell_plot:https://www.omicsclass.com/article/1572
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA
input cnv data file path[required]
-g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL
Enter the file path that contains the gene
symbol[required]
-H HEIGHT, --height HEIGHT
the height of dumbbell plot[optional,default 6]
-W WIDTH, --width WIDTH
the width of dumbbell plot[optional,default 8]
-o OUTDIR, --outdir OUTDIR
output file directory[optional,default cwd]
-p PREFIX, --prefix PREFIX
out file name prefix[optional,default m6a_cnv]
参数说明：
-c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件：
| Gene Symbol | Locus ID | Cytoband | TCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01 | TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01 | TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01 | TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01 | TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01 |
| ACAP3 | 116983 | 1p36.33 | -0.001 | 0.002 | 0.009 | 0.015 | 0.005 |
| ACTRT2 | 140625 | 1p36.32 | -0.001 | 0.002 | 0.009 | 0.015 | 0.005 |
-g 输入用于绘制哑铃图的基因文件：
| ID | group |
| RBM15 | W |
| RBM15B | W |
| METTL14 | W |
-H和-W 指定生成图片的高和宽，默认高为6，宽为8
使用举例：
Rscript ../scripts/cnv_dumbbell_plot.r -g ../m6a.tsv \
-c ../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt
结果展示：
- 发表于 2021-10-15 15:38
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- 分类：R
