ICGC数据库的数据下载
ICGC数据库（https://daco.icgc.org/），即国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium），数据库中收集了50种不同癌症类型或不同亚型的肿瘤数据，其中包括基因表达数据，体细胞突变数据（单核苷酸突变和拷贝数变异），以及相关的临床数据等。并且其中同样囊括了TCGA数据库和TARGET数据库中的相关数据。因此，我们往往把TCGA数据库分析得到的模型或者结论，使用ICGC数据库中的数据进行外部验证拓展。
我们要想下载这个数据库中的数据，首先要进入数据储存地址Welcome | ICGC Data Portal。
然后点击DCC Data Releases，查看数据更新版本信息。
点击跳转页面后，我们可以看到不同时间更新的数据版本信息，一般选择最新版本的数据来进行分析。点击current，就可查看最新版本的数据。
点击Projects就可进入数据集储存界面。
在该页面可以看到其中包含的各个项目内容，根据研究的疾病类型和相关具体需求来进行选择。
比如我们选择一个来自美国的透明细胞肾癌数据集，点击后可以看到这个数据集中包括的数据。
在该数据集中，包括基因表达exp_seq.KIRC-US.tsv.gz，临床数据specimen.KIRC-US.tsv.gz，Somatic突变数据simple_somatic_mutation.open.KIRC-US.tsv.gz，以及一些其他的相关病史等等。
通常下载基因表达文件和临床数据文件用于后续的分析使用。
除了上述方法外，我们还可以直接搜索关键词，比如癌症全称等，并指定数据类型，也可以快速地搜索到我们想要的数据。
选择好后点击进入，就可以看到数据相关的信息。
点击右下角的Open in DCC Data Releases，就也可以下载数据了。
- 发表于 2021-11-05 15:40
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- 分类：软件工具
