进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程
在阅读文章的时候，我们经常会看到一棵漂亮的进化树，如下图，拟南芥WRKY基因家族的进化树，最外层是基因表达量热图，中层是基因ID，里层为拟南芥基因之间的进化关系，不仅直观地展现了物种的进化发育系统，还把每个基因的表达量信息也展现出来，是不是很漂亮！今天我就教大家绘制上面这个图，让你的图成为进化树中最靓的仔！
1. 数据准备
（1） 拟南芥基因的氨基酸序列
(2） 拟南芥基因表达量数据（标准化后）
2. 序列比对
构建系统进化树的软件有很多种，但最常用的是MEGA，在官网下载MEGA软件进行构建。
(1）进入MEGA主界面，点击“ALIGN”下面的“Edit/Build Alignment”创建新的比对，弹出页面中选择“Create a new alignment”，之后再选择建立蛋白序列进入比对页面。
（2）在比对页面，点击Edit下面的“insert sequence from file”，选择拟南芥基因氨基酸序列。
（3）选择Alignmen下面的“Align by ClustalW”比对方式，不需要更改参数，直接点击“OK”。比对结束之后，按照自己需要进行碱基列的删减。比对结果可保存为多种格式mas、meg等。
3. 构建进化树
（1）回到MEGA主页面，选择PHYLOGENY下“Neighbor-Joining”进行构建。导入meg格式的比对结果文件，在弹出页面中将参数“Bootstrap method"更改为500或1000。
（2）将进化树根据自己需要进行简单修改，选择左上角File的“Export Current Tree(Newick)”进行保存。4. 进化树美化
进化树美化最常用Evolview网站，官方网址：https://evolgenius.info//evolview-v2/#login ，不支持IE浏览器和360浏览器，推荐Google。建议使用Evolview之前注册账号，可以保留使用历史记录。
（1）选择Basic下的“upload tree file”提交基因家族进化树文件.nwk。并从线性排列改为圆形排列。
（2）点击“Annotation upload”下的第11个选项绘制热图，点击“upload data for heatmap(help)”可进入绘制热图说明文档，参数设置可以参考左上角heatmaps案例，在弹出页面上提交拟南芥基因表达量，其它得到最终进化树
（3）在Export中导出结果，常用pdf和png格式。导出pdf文件可以根据自己需要进行AI修改，添加热图样品信息等。
- 发表于 2021-11-16 09:52
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- 分类：科研作图
