蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

信号肽是是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，长度约5-30个氨基酸；对应的mRNA序列，在起始密码子后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域，该氨基酸序列就被称为信号肽序列，它负责...

信号肽是是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，长度约5-30个氨基酸；对应的mRNA序列，在起始密码子后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域，该氨基酸序列就被称为信号肽序列，它负责把蛋白质引导到细胞含不同膜结构的亚细胞器内。
今天我给大家介绍一款鉴定信号肽的在线软件，简单易用。

SignaIP简介

SignaIP是目前应用最广泛信号肽在线预测软件，目前SignaIP目前已经更新到5.0版本，不过小编不太喜欢最新版本的结果展示形式，仍在使用SignaIP4.1版本，结果信息展示更精准明了。

SignaIP4.1地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/ 。SignaIP4.1页面如下：

SignaIP的使用

SignaIP使用很简单，首先是上传需要分析的蛋白序列，如下图，待分析的蛋白序列上传有两种方式：可在粘贴框中单条序列上传；也可以可以点击选择文件直接上传FASTA文件，每次上传最多提交2000个序列和200000个氨基酸，每条序列不超过6000个氨基酸。

提交完蛋白序列，接下来进行一些简单设置，如下图，由于示例基因来源于动物，所以物种选择真核生物；D-cutoffvalues一般默认即可；结果图片格式可以选择第三个PNG and EPS（矢量格式）；输出格式一般选择Standard 和Long；Method选项是区分蛋白序列中是否存在跨膜区域（TM regions），假如明确知道无跨膜区域，就选择不包括跨膜区域预测会更准确，其余选择第一个；分析区域可以自行设置，默认是前70个氨基酸，一般保持默认即可。

设置完成后，点击Submit即开始分析。

SignaIP结果解读

下面即是SignaIP分析结果，其中有3个比较重要的打分介绍一下：

C-score （raw cleavage site score）：用来区分是否为剪切位点，最高峰值为剪切位点后的第一个氨基酸(即成熟蛋白的第一个氨基酸残基)；
S-score (signal peptide score)：用来区分相应位置是否为信号肽区域；
Y-score (combined cleavage site score)：C-score和S-score的几何平均数，用于避免多个高分C-score值对结果的影响；

在分泌蛋白的预测结果中，NN法Signal peptide列中结果为yes或者NO，并根据C值、S值和Y值等给出潜在的剪切位点；图表右上角处有C值、S值和Y值的曲线颜色指示，图表中有各值的变化趋势曲线，如下图。