R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

R包hdf5r安装失败

Found hdf5 with version: 1.8.12
configure: error: The version of hdf5 installed on your system is not sufficient. Please ensure that at least version 1.8.13 is installed
ERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’



解决办法:


1. 下载hdf5-1.8.13的源码

wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.tar.bz2

2. 编译安装

tar xjf hdf5-1.8.13.tar.bz2
cd hdf5-1.8.13
./configure --prefix=$HOME/.local/bin/hdf5-1.8.13
make && make install

3. 设置环境变量

export PATH=$HOME/.local/bin/hdf5-1.8.13/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/.local/bin/hdf5-1.8.13/lib:$LD_LIBRARY_PATH

4. 重新安装R包hdf5r

install.packages('hdf5r')



  • 发表于 2022-01-22 10:23
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