IF=3.47|非肿瘤-眼部老年黄斑变性ceRNA文章思路

非肿瘤老年黄斑变性

年龄相关性黄斑变性(Age-related Macular Degeneration,AMD),是造成60岁以上老年人视力障碍的主要原因,分为两种类型,一种是干性的(萎缩性),占AMD的85%-90%,是由于视网膜色素上皮细胞(Retinal Pigment Epithelium,RPE)和光感受器细胞缺乏而形成的地图样萎缩(Geographic atrophy,GA)。另外一种是湿性的(新生血管性),是由于脉络膜新生血管(Choroidal neovascularization,CNV)导致出血和渗出进入RPE和视网膜感觉层之间。世界卫生组织表示,AMD已在全球范围内成为失明的主要原因,在白内障和青光眼之后排名第三。近年来,我国AMD患者的发病率呈逐年上升趋势。随着我国人口老龄化问题的加重,AMD患病率将进一步增高,目前大多数受影响的患者还没有特效的治疗方法。


文章:



attachments-2022-02-EYGTZaTz62061920aa3c8.png
分析思路:


attachments-2022-02-zerlsKBb62061933eade7.png

数据介绍:


来自GEO两个表达数据,包括AMD患者和正常对照:    attachments-2022-02-LoQjr6p362061942bd4eb.png主要结果:


1.两个数据集,分别以患者和对照为分组筛选差异基因:


attachments-2022-02-eVQpsjQW62061953a0b59.png
2. 共有的差异表达基因(107个)表达热图展示:attachments-2022-02-weTyMq9d6206196391492.png

3.差异表达基因GO富集分析,展示前10个最富集的GOterm:


attachments-2022-02-E0wEMfnM620619726b1db.png
4. mRNA-miRNA-circRNA的互作关系查找通过miRNAWalk工具,在12个数据库中筛选miRNA与差异表达的mRNA互作关系。miRNA-circRNA的互作关系使用Starbase数据库查找:


attachments-2022-02-2gQy74bN6206197f45e45.png
mRNA-miRNA-circRNA调控网络图展示:


attachments-2022-02-PAj1DNjo6206198b9fae2.png
5. 发现于AMD相关的ceRNA
通过分析网络中的hub基因,找到关键的ceRNA: hsa_circRNA7329/hsa-miR-9/SCD


attachments-2022-02-9fMXX2NJ6206199597c7b.png

总结:


章利用了两个GEO的表达数据集以及已知的RNA调控数据数据库,找到了与AMD相关的ceRNA,就可以发到3分以上的文章,相比肿瘤相关的数据挖掘简单很多。


参考文献:


Su Y, Yi Y, Li L, Chen C. circRNA-miRNA-mRNA network in age-related macular degeneration: From construction to identification. Exp Eye Res. 2021 Feb;203:108427. doi: 10.1016/j.exer.2020.108427. Epub 2020 Dec 29. PMID: 33383027.

延伸阅读

  1. GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因

  2. GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

  3. 文献精读-GEO数据挖掘生物信息文章(宫颈癌)

  4. GEO数据挖掘直肠

  5. GEO数据挖掘案例解读-植物篇(拟南芥重金属)

  6. GEO数据如何挖掘?案例解析!

  7. 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解

  8. IF=6.58|铁死亡相关lncRNA预测头颈部鳞状细胞癌预后文献解析

  9. IF=13.75|m6A与肿瘤免疫landscape结合分析文献解析

  10. IF:8.8|TCGA+ceRNA+肝癌文献解析

  11. IF=7.5|结肠腺癌+信号通路突变亚型数据挖掘

  12. IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

  13. IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路(GWAS Catalog)

  • 发表于 2022-02-11 16:06
  • 阅读 ( 2211 )
  • 分类:GEO

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

698 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 343 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 78 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章