$Rscript scripts/seurat_sc_qc.r -h

usage: scripts/seurat_sc_qc.r [-h] [-i count] [--sep sep] [-d data.dir]
                              [--gene.column gene.column] [--rds rds]
                              [--project project]
                              [--metadata.col.name  metadata.col.name [metadata.col.name ...]]
                              [--metadata.value  metadata.value [metadata.value ...]]
                              [--metadata metadata] [--nGene.max nGene.max]
                              [--nGene.min nGene.min] [--nUMI.min nUMI.min]
                              [--nUMI.max nGene.max] [--min.cells min.cells]
                              [--percent_mito percent_mito]
                              [--mito.gene.pattern mito.gene.pattern]
                              [--percent_hb percent_hb]
                              [--hb.gene.pattern hb.gene.pattern]
                              [--percent_ribo percent_ribo]
                              [--ribo.gene.pattern ribo.gene.pattern]
                              [--percent_pt percent_pt]
                              [--pt.gene.pattern pt.gene.pattern]
                              [--downsample downsample]
                              [--legend.position legend.position [legend.position ...]]
                              [--group.by group.by] [-H height] [-W width]
                              [-o outdir] [-p prefix]
Seurat single cell qc analysis : https://nbisweden.github.io/workshop-
scRNAseq/labs/compiled/seurat/seurat_07_spatial.html
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i count, --count count
                        input read count file , csv or tsv format[ optional]
  --sep sep             the field separator character for count file; Values
                        on each line of thefile are separated by this
                        character. If ‘sep = ""’ (the default for
                        ‘read.table’) the separator is ‘white space’,that is
                        one or more spaces, tabs, newlines or carriage
                        returns.[default tab]
  -d data.dir, --data.dir data.dir
                        input read count from 10X cellranger
                        filtered.feature.bc.matrix.dir [optional]
  --gene.column gene.column
                        Specify which column of genes.tsv or features.tsv to
                        use for gene names when 10X cellranger data; default
                        is 2 [optional default 2]
  --rds rds             input seurat rds format[ optional]
  --project project     Project name for the ‘Seurat’ object [default
                        SeuratProject]
  --metadata.col.name  metadata.col.name [metadata.col.name ...]
                        column name for meta data . [default None]
  --metadata.value  metadata.value [metadata.value ...]
                        column value for meta data. [default None]
  --metadata metadata   metadata table file to add metadata , must tsv format.
                        [default None]
  --nGene.max nGene.max
                        filter cells that detect genes more than this value
                        [default None]
  --nGene.min nGene.min
                        filter cells that detect genes less than this value
                        [default 200]
  --nUMI.min nUMI.min   filter cells that detect nUMI less than this value
                        [default None]
  --nUMI.max nGene.max  filter cells that detect nUMI more than this value
                        [default None]
  --min.cells min.cells
                        Include genes detected in at least this many cells.
                        Will subset the counts matrix as well. To reintroduce
                        excluded genes, create a new object with a lower
                        cutoff. [default 3]
  --percent_mito percent_mito
                        Filters cells with mitochondrial gene content greater
                        than this value, [0-100] [default None]
  --mito.gene.pattern mito.gene.pattern
                        A regex pattern to match features against
                        mitochondrial gene ID [default " ^MT.*-] "
  --percent_hb percent_hb
                        Filters cells with hemoglobin (hb) gene content
                        greater than this value, [0-100] [default None]
  --hb.gene.pattern hb.gene.pattern
                        A regex pattern to match features against hemoglobin
                        gene ID [default " ^HB[^(P)]]"
  --percent_ribo percent_ribo
                        Filters cells with ribosomal (ribo) gene content
                        greater than this value, [0-100] [default None]
  --ribo.gene.pattern ribo.gene.pattern
                        A regex pattern to match features against ribosomal
                        (ribo) gene ID [default " ^RP[SL]]"
  --percent_pt percent_pt
                        Filters cells with mitochondrial gene content greater
                        than this value, [0-100] [default None]
  --pt.gene.pattern pt.gene.pattern
                        A regex pattern to match features against chloroplast
                        (pt) gene ID [default None]
  --downsample downsample
                        subset cells numbers for analysis [default None]
  --legend.position legend.position [legend.position ...]
                        the position of legends ("none", "left", "right",
                        "bottom", "top", or two-element numeric
                        vector)[default none]
  --group.by group.by   group color column name in metadata [default None]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 4]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 4]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default
                        /share/nas5/huangls/test/10X.sc.test/pbmc]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default demo]