BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进化（有参比对）评估基因组组装和注释完整性的开源python软件。

BUSCO软件介绍

BUSCO是一款使用python语言编写的对转录组和基因组组装质量进行评估的软件。在相近的物种之间总有一些保守的序列，而BUSCO就是使用这些保守序列与组装的结果进行比对，鉴定组装的结果是否包含这些序列，包含单条、多条还是部分或者不包含等等情况来给出结果。

BUSCO 软件根据OrthoDB 数据库，构建了几个大的进化分支的单拷贝基因集。将转录本拼接结果与该基因集进行比较，根据比对上的比例、完整性，来评价拼接结果的准确性和完整性。

下载与安装

BUSCO官网：https://busco.ezlab.org/。

BUSCO软件需要依赖以下3种工具：

• Augustus

• HMMER

• Blast+

BUSCO软件安装不难，没有安装的可参考官网安装说明，小编这里就不过多介绍了。

软件使用

BUSCO软件有2种分析方法：auto-lineage 和 lineage_dataset。

auto-lineage：自动匹配进化分支

busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-prok
# or ignoring eukaryotes to save runtime, if compatible with your experimental goal.
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-euk
# or ignoring non-eukaryotes to save runtime, if compatible with your experimental goal.

 -i：基因组组装文件;

-o：输出目录；

--auto-lineage：自动匹配进化分支;

--auto-lineage-prok：自动匹配真核生物进化分支;

--auto-lineage-euk：自动匹配原核生物进化分支。

lineage_dataset：指定进化分支

busco -i AF04-12.fna --lineage_dataset ~/database/BUSCO/eukaryota_odb10 --out output -m genome --offline

 -i：基因组组装文件；

--lineage_dataset：指定进化分支数据库路径；

--out：输出目录；

-m ：BUSCO分析模式，基因组组装；

--offline：关闭BUSCO下载文件。

要指定进化分支数据库路径就需要提前下载数据库，MANAUAL中提供了lineage数据源，数据库链接：https://busco-data.ezlab.org/v5/data/。

V5最新版的数据库：

需要下载并解压。

wget -c https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/bacteria_odb10.2020-03-06.tar.gz
tar -zxvf bacteria_odb10.2020-03-06.tar.gz

结果解读

输出目录下的short_summary*.txt 文件为BUSCO评估结果文件。

格式如下：

# BUSCO version is: 5.3.2
# The lineage dataset is: eukaryota_odb10 (Creation date: 2020-09-10, number of genomes: 70, number of BUSCOs: 255)
# Summarized benchmarking in BUSCO notation for file /share/nas5/wangq/project/genome_assembly/liuch/ann/2.assemble/scaffolds.fasta
# BUSCO was run in mode: genome
# Gene predictor used: metaeuk

        ***** Results: *****

        C:93.3%[S:92.5%,D:0.8%],F:1.2%,M:5.5%,n:255
        238     Complete BUSCOs (C)
        236     Complete and single-copy BUSCOs (S)
        2       Complete and duplicated BUSCOs (D)
        3       Fragmented BUSCOs (F)
        14      Missing BUSCOs (M)
        255     Total BUSCO groups searched

Dependencies and versions:
        hmmsearch: 3.3
        metaeuk: aa7ac2eb7334405ad57d50d78361e3dcd61bb27a

好啦，今天就先讲到这了，有兴趣的赶快试一下吧！

此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：

1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程

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3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析

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