软件使用方法如下：
#hisat2-build 对参考基因组构建索引
hisat2-build genome.fa genome.fa
#双端read比对
hisat2 --new-summary -p 10 -x genome.fa -1 1.fastq.gz -2 2.fastq.gz -S rnaseq.sam
#单端read比对
hisat2 --new-summary -p 10 -x genome.fa -U rnaseq.fastq.gz -S rnaseq.sam
#排序并生成bam文件
samtools sort -o rnaseq.bam rnaseq.sam
有比对的bam文件，就可以进行后续分析了。
此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：
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