区分cds utr.exon

区分cds utr.exon

英文版的基因结构图:

attachments-2022-10-xIJrAVWj63423239b9f56.jpg

中文版的基因结构图:


attachments-2022-10-i1RquUPX63423360c24e8.jpg


先来认识几个概念:

3'UTR: 3‘端非翻译区,也就是mRNA两端的非编码片段

5'UTR: 5‘端非翻译区,也就是mRNA两端的非编码片段

UTR代表了RNA EXON的非蛋白质编码部分

ORF:开放读取框,指任意一段序列,只要起于ATG止于终止子,都可以叫做ORF。ORF是一种预测,而不是一种已知的翻译区

CDS: Coding DNA Sequence,是指mRNA序列中编码蛋白质的那部分序列。属于ORF(open reading frame),既然编码蛋白,那肯定以ATG开始--终止密码子结束。


CDS,start_codon(启动子),stop_codon(终止子),UTR等概念都是针对可以编码蛋白质的转录本(mRNA)而言的。当然也存在不编码蛋白的转录本(mRNA),那么他只有exon了,没有CDS,start_codon,stop_codon。另外exon与intron是互斥的,exon包含UTR和CDS。

基于这些信息我们可以得到以下结论 (可以自行统计基因注释文件:gencode.v18.annotation.gtf):


1). 对start_codon和stop_codon而言,只涉及3个碱基。以ENST00000583352.1 为例 (GENCODE hg19),其中涉及以下两行信息(基因组位置后部分信息已省去)

chr17    HAVANA    start_codon    46051392    46051394 

chr17    HAVANA    stop_codon    46053014    46053016

2). 对于任意一个编码蛋白转录本而言,可以没有5'UTR,但是肯定有3’UTR,3'UTR最短也就和stop_codon完全相同,即3个碱基。 以ENST00000583352.1 为例 (GENCODE hg19),其中涉及以下两行信息(基因组位置后部分信息已省去)

chr17    HAVANA    stop_codon    46053014    46053016

chr17    HAVANA    UTR    46053014    46053016

结论:可以看出此转录本stop_codon和UTR基因组位置相同。

3). 对于编码蛋白转录本而言,第一个外显子可以部分或者整体全是在5’UTR内部。此外,前面多个外显子也可以都在5’UTR中。以ENST00000342066.3为例(GENCODE hg19),其中涉及以下信息(基因组位置后部分信息已省去)

chr1    HAVANA    exon    861118    861180

chr1    HAVANA    exon    861302    861393

chr1    HAVANA    CDS    861322    861393

chr1    HAVANA    start_codon    861322    861324

...

chr1    HAVANA    UTR    861118    861180

chr1    HAVANA    UTR    861302    861321

chr1    HAVANA    UTR    879531    879955 

结论:可以看出此转录本 第一个外显子在5'UTR内部,第二个外显子含有部分5'UTR。start_codon是CDS的一部分

4). 部分编码蛋白转录本最后一个外显子可以部分或者整体全是在3’UTR内部。此外,后面多个外显子也可以都在3’UTR中。以ENST00000435070.3为例(GENCODE hg19),其中涉及以下信息(基因组位置后部分信息已省去)

chr12    HAVANA    CDS    69656153    69656336

chr12    HAVANA    stop_codon    69656337    69656339

chr12    HAVANA    exon    69663292    69668138

chr12    HAVANA    UTR    69633317    69633426

chr12    HAVANA    UTR    69656337    69656342

chr12    HAVANA    UTR    69663292    69668138 

结论:可以看出此转录本最后一个外显子在3'UTR内部,倒数第二个外显子含有部分3'UTR。stop_codon是3’UTR的一部分。


5. 可以是2),3)和4)的组合。

  • 发表于 2022-09-26 11:58
  • 阅读 ( 3654 )
  • 分类:基础知识

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
生信阿姨
生信阿姨

31 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 80 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章