mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

解决老牌植物软件mapman出图的bincode与图上的binname不匹配

主要遇到的问题是软件出图的bincode在图上的binname不匹配,折腾了好久终于找到问题所在以及解决方案,特此分享。

出错时发现问题:使用mapman网站Mercator4注释的结果直接在软件下下来的界面出图,发现能出图,只是图和下面的注释通路没半毛钱关系。

查找问题,图上的bincode和Mercator4注释的bincode对应的binname都不一致,所以出来的通路自然不对应,于是对着网上一通查,发现提同样问题的朋友也有,对照着网上的保姆教程学习,发现有两个注释版本,打开了新的尝试区,特此感谢网友https://zhuanlan.zhihu.com/p/393861703指路。于是重新用3.6版本注释,OK,Mercator3.6几秒就变成完成注释,但是页面下载点不了(PS在此以为格式不对,做了各种修改动作),最后发现网页上的注释结果确实下载不了。

Next,:: about Mercator - PlabiPD在注释网站发现一个大坑,The Mapman desktop application requires a diagram that illustrates the pathway or process to be visualized. Each diagram consists of a pathway image file (.svg) and an extra protein/gene mapping file (.xml). Notice, the diagrams designed for Mercator4 (X4 ..) are not compatible to Mercator v.3.6 and vice versa.两个注释结果跟pathway的code根本不兼容。

解决:全部换到版本4能用的就解决了,新图效果更好,推荐。

顺便指路pathway下载界面MapManStore - MapMan (gabipd.org),按需求之。

  • 发表于 2022-09-26 22:43
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Antonio Banderas
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