pfam 隐马尔可夫模型序列最新下载方法
HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法
HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法：
方法一：
利用Pfam网站下载，此网站可以用到2023年1月，之后将停用，现在如果使用PFam网站下载，方法如下：（此方法仅适合在2023年1月之前使用）:
打开 ②
以上下载的是结果是文本文件，可以直接用notepad++等软件直接打开。
结果如下：
方法二：
之前是利用pfam网站进行下载，下载pfam网站合并到interpro网站当中了，具体下载方法如下：
interpro网站网址：
https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/
点击进入网站：
如图：
点击search，点击ByText，如图：
输入收索内容：
根据自己需要点击结果：
下载
注意：这是一个二进制文件，是压缩的文件，后面尾缀的 .gz 是没有显示的。
直接打开：
上传的到Linux上。将其加上尾缀 .gz，然后解压：命令：gunzip PF00847.hmm.gz
然后打开就是文本文件。
如图：
方法三：
首先还是进入 interprovincial网站，按以下依次点入，
点击Download,下载
输入命令：hmmbuild -o /dev/null HMM SEED
结果如下：
便可以得到文本文件，只不过和发方法二的数据存在一定差异，猜测：可能是数据转换计算导致的
- 发表于 2022-10-21 13:21
- 阅读 ( 6616 )
- 分类：软件工具
