简单的蛋白质组实验怎么炼成4分文章
闲话少说，现在开讲
文章解读
01/研究材料
本文的研究对象是弓形虫（Toxoplasma gondii），研究者选取了弓形虫的三个发育时期的样品：T-速殖子（tachyzoite）、C-包囊期（bradyzoites-containing cyst）以及O-卵囊期（sporulated oocyst），每个时期两个生物学重复。
02/研究方法
本文没有高深的实验技术，也没有复杂的分析方法，只是对选取的样本进行了iTRAQ蛋白质组学检测，并进行了相应的生物信息学分析。
03/研究结果之蛋白质鉴定及差异分析
作者通过iTRAQ分析，共鉴定出6285个蛋白质，三个差异组合（O vs. T、T vs. C、C vs. O）的差异蛋白数分别为：875、656、538。同时，作者将每个组合的上调和下调差异蛋白进行了统计，并绘制了相应的柱状图。
04/研究结果之DEPs的GO注释
作者将鉴定的DEPs进行了GO注释，结果发现三个差异组合（O vs. T、T vs. C、C vs. O）分别注释到了：3371、2846、1998个GO terms，并且作者也对三个差异组合注释到不同GO terms上的DEPs进行了统计。
05/研究结果之DEPs的KEG注释
作者对这3个差异组合（O vs. T、T vs. C、C vs. O）的DEPs进行了KEGG注释，分别有401、654、536个DEPs注释到了KEGG代谢通路上。同时，作者对每个差异组合中上调和下调DEPs在KEGG代谢通路上的注释情况进行了统计。
06/研究结果之致病因子及核糖体蛋白的表达模式分析
为了研究弓形虫整个生命周期中致病因子的表达模式，作者对所有组别中都出现的23个致病因子的表达水平进行了分析。同时，作者对三个不同阶段的差异表达的核糖体蛋白进行了分析。
07/研究结果之DEPs的蛋白互作分析
作者对3个差异组合的DEPs进行了蛋白质互作分析，并绘制了蛋白质互作网络图。
08/讨论
最后，作者结合前人的研究进展和自己的研究结果进行了讨论，这样一篇4分的蛋白质组学文章就完成了。
总结
从本文可看出蛋白质组学文章还是比较好发的，起码来说4分左右的文章不需要太多的补充实验和花哨的分析内容，这也比较符合许多初学者的胃口。
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课，学习链接：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章，学习链接：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他课程链接：二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读。
- 发表于 2018-04-21 18:14
- 阅读 ( 4009 )
- 分类：文献解读
