GATK4它的参数设置中没有多线程的参数并且运行速度较慢，对于大量样品的项目进行变异检测可以每个样品单独进行检测，最后再进行合并。运行命令如下：
1.HaplotypeCaller对单个样品检测。
gatk --java-options "-Xmx50g" HaplotypeCaller --tmp-dir tmp -R genome.ref.fa -ERC GVCF --max-alternate-alleles 4 --sample-ploidy 2 -O 0.g.vcf.gz -I AP1.sort.dedup.bam
2.GenomicsDBImport 对所有样品结果进行合并
gatk --java-options "-Xmx50g" GenomicsDBImport --tmp-dir tmp -R genome.ref.fa --genomicsdb-workspace-path ./db --variant 0.g.vcf.gz --variant 1.g.vcf.gz --variant 2.g.vcf.gz ...
3.GenotypeGVCFs 将GVCF转为VCF
gatk --java-options "-Xmx50g" GenotypeGVCFs --tmp-dir tmp -R genome.ref.fa -O raw.vcf.gz -V gendb://db
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