GetOrganelle软件是一款由郁文斌老师开发的一套全新的细胞器基因组组装工具，可以对大规模的细胞器基因组进行快速、准确及自动化组装。

原作推荐了三种安装方法：

安装方法一：（小白）利用Conda安装

安装方法二：（老司机）利用setup.py安装

安装方法三：（开发者）完全手动安装和配置

使用conda安装简单好操作，比较适合小白，但会依赖各种各样的包，所以我使用了第二种安装方法。

一、安装GetOrganelle软件

mkdir software          #如果在根目录(利用cd进入的目录)下创建目录 software
cd software              #进入目录 software
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle/archive/1.7.3.5.tar.gz    #下载 GetOrganelle版本为1.7.3.5的软件压缩包
tar xzf 1.7.3.5.tar.gz        #软件压缩包解压
mv GetOrganelle-1.7.3.5 GetOrganelle  #将文件夹或目录 GetOrganelle-1.7.3.5 更名为GetOrganelle

#如果需要GetOrganelle软件包自带程序SPAdes, Bowtie2, Blast，需要下载 GetOrganelleDep目录，参照以下步骤：

cd GetOrganelle         #进入目录 GetOrganelle
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleDep/releases/download/v1.6.0/v1.6.0-linux.tar.gz        #下载Linux版本的 GetOrganelleDep
tar xzf v1.6.0-linux.tar.gz        #解压压缩文件

注意：如果不使用GetOrganelleDep中带的SPAdes, Bowtie2, Blast程序，则需要自行安装或配置，并添加到环境变量。

#使用pip完成安装GetOrganelle

#如果python没有配置pip

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py      #下载get-pip.py 
python get-pip.py                            #安装get-pip.py 
pip install ./GetOrganelle                   #安装和配置GetOrganelle 
pip install psutil matplotlib                #安装和配置psutil和matplotlib包

二、配置GetOrganelle自带的数据库（SeedDatabase 和LabelDatabase）

get_organelle_config.py --add embplant_pt       #配置高等植物质体基因组库
get_organelle_config.py --add embplant_mt        #配置高等植物线粒体基因组库
get_organelle_config.py --add other_pt            #配置其他植物质体基因组库
get_organelle_config.py --add fungus_mt           #配置真菌线粒体基因组库
get_organelle_config.py --add animal_mt          #配置动物线粒体基因组库
get_organelle_config.py --add embplant_nr        #配置高等植物核糖体DNA库
get_organelle_config.py --add fungus_nr           #配置真菌核糖体DNA库

三、测试

下载模拟 WGS 数据集：

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz

然后使用以下方法验证下载文件的完整性：md5sum

md5sum Arabidopsis_simulated.*.fq.gz
# 935589bc609397f1bfc9c40f571f0f19  Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
# d0f62eed78d2d2c6bed5f5aeaf4a2c11  Arabidopsis_simulated.2.fq.gz
# Please re-download the reads if your md5 values unmatched above

然后做快速叶绿体组装（内存：~600MB，CPU时间：~60s）：

get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated.2.fq.gz -t 1 -o Arabidopsis_simulated.plastome -F embplant_pt -R 10

命令说明#-1和-2    正向和反向测序原始数据文件(如果是单向测序, -u)#-F          设定要组装的基因组类型*#-o          结果输出保存的目录(文件夹)名称#-R          提取叶绿体基因 reads 的轮次(轮次越多,耗时越长)#-t          并行使用 CPU 的数量(多核可提速)#-k           调用SPAdes进行 denovo组装的k-mer,数值必须是奇数, 最大值是127

结果文件

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/0kIQtQvNQsACTRhdajd2lQ

https://mp.weixin.qq.com/s/hDS3ZDOnIFTBGMVs6-HKQw

https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle