repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件，可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽
#转换成gff文件
rmOutToGFF3.pl contig.fa.out >contig.full_mask.gff
#去除简单重复区呀
grep -v -e "Satellite" -e ")n" -e "-rich" contig.full_mask.gff >contig.full_mask.complex.gff
#对基因组中的重复区域屏蔽
bedtools maskfasta -fi ../contig.fa -bed contig.full_mask.complex.gff -fo contig.hardmasked.fa
bedtools maskfasta -soft -fi ../contig.fa -bed contig.full_mask.complex.gff -fo contig.softmasked.fa
