根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白,CDS,CDNA序列

https://github.com/TransDecoder/TransDecoder



TransDecoder    https://github.com/TransDecoder/TransDecoder 软件提供该脚本:

/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3  --fasta ../genome.fa --seqType  cDNA >cdna.fa
/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  genome.final.gff3 --fasta ../genome.fa  --seqType CDS >cds.fa
/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  genome.final.gff3  --fasta  ../genome.fa --seqType prot >pep.fa


  • 发表于 2022-12-28 11:52
  • 阅读 ( 2536 )
  • 分类:基因组学

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