基因组重复序列分类
重复序列是指基因组中频繁出现的相同或对称的DNA片段，在植物基因组中占有很大比重，根据重复序列在植物基因组中的组织方式不同进行分类。
重复序列是指基因组中频繁出现的相同或对称的DNA片段，在植物基因组中占有很大比重，根据重复序列在植物基因组中的组织方式不同进行分类。
基因组重复序列主要类型
重复序列是植物基因组中频繁出现的相同或对称的DNA序列片段，其中单个相同的片段称为重复单元，占整个植物基因组的10%-85%。基因组中重复序列的比例及存在位置多样，从而推动植物基因组的进化。
根据重复序列在植物基因组中的组织方式不同，可分为２种类型：一种为串联重复序列（tandem repeats），由重复单元首尾相连、成簇排列而成，主要分布在染色体着丝粒周缘区域、臂间区域和近端粒区域，某些短的串联重复序列均匀分布在基因组中，包括卫星DNA、核糖体DNA、染色体纽中的串联重复序列、着丝粒、端粒串联重复序列。另一种为散在重复序列(dispersed repeats) ，即重复单元在基因组中相间排列，主要指转座子，包括反转录转座子(retrotransposon)和DNA转座子，通常散布在染色体或多倍体物种某些（个）亚基因组染色体上。重复序列对维持染色体的空间结构、基因表达、遗传调控和生物进化等具有重要作用。
散在重复序列鉴定可以使用REPuter在线软件分析；串联重复序列鉴定可以使用TendemRepeatFinder (TRF)软件分析。
参考：https://www.jianshu.com/p/6cc92fd7a845
https://www.jianshu.com/p/f94ba9df9c3e
- 发表于 2022-12-29 17:42
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- 分类：基础知识
