bwa-mem2（ https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2 ）
bwa-mem2是指令集优化版bwa mem，它产生与bwa相同的对齐，并且速度约为1.3-3.1倍，具体取决于用例、数据集和运行机器，近期的版本极大降低了内存和存储使用量（使用了FM-index，和 8x compression）
最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的性能增强主要由英特尔并行计算实验室的Vasimuddin Md（@yuk12）和Sanchit Misra（@sanchit-misra）完成。Bwa-mem2在麻省理工学院许可证下分发。
构建索引
bwa-mem2 index [-p prefix] <in.fasta>
比对
bwa-mem2 mem [options] <idxbase> <in1.fq> [in2.fq]
-o 指定输出文件
-t 指定线程数
也可以直接在末尾使用 > and 2>来输出sam文件和log日志
和
–M 可以兼容Picard
-R 可以指定read group头部,可被添加到输出文件头部
